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import java.io.*;

public class Aminos {
    private int size;
    private String[] name;
    private double[][] matrix;
    private String[] dns;
    // Konstruktor:
    // Tabelle der Aminosäuren wird aus <datei> eingelesen.
    // Zu Beginn enthält die Datei das Schlüsselwort "DNS"gefolgt von den Namen
    // der DNS. Der Beginn der Aminosäurendaten wird durch das Schlüsselwort
    // "MATRIX" gekennzeichnet.
    // Der Rest der Dateie nthält in der ersten Spalte den Namen der Aminosäure,
    // in der zweiten bis letzten Spalte dann das obere rechte Dreieck der
    // Ähnlichkeitsmatrix (einschließlich der Diagonalen). Die Matrix
    // beschreibt die Ähnlichkeit zweier Aminosäuren, d.h. der Eintrag [i,j]
    // gibt ein Maß für die Abweichung beim Übergang von Aminosäure i zur
    // Aminosäure j, z.B. auf Grund eines Fehlers im genetischen Code.
    // Als Aminosäure Nr. 0 gilt das STOP-Symbol. Dieses erhält für alle Positionen
    // als Fehler den Mittelwert aller anderen Matrixeinträge
    Aminos (File datei) {
	int i,j,pos1,pos2,zähler=0,anzDNS=0,länge;
	double temp;
	String zeile;
	BufferedReader ein;

	// Nachzählen, wieviele Zeilen in der Datei verzeichnet sind ...
	try {
	    ein=new BufferedReader(new FileReader(datei));
	    while((zeile=ein.readLine())!=null) {

		zähler++;
		if(zeile.equals("MATRIX")) {
		    anzDNS=zähler-2;
		    zähler=0;
		}
	    }
	    ein.close();
	    if(anzDNS==0)
		fehler("Fehler: Namen der DNS fehlen in der Aminosäurendatei");

	    // ... Alles initialisieren ...
	    this.size=zähler+1;
	    this.name=new String[zähler+1];
	    this.dns=new String[anzDNS];
	    this.matrix=new double[zähler+1][zähler+1];
	    ein=new BufferedReader(new FileReader(datei));
	    
	    // ... zu Beginn noch die Namen der DNS einlesen ...
	    if(!(zeile=ein.readLine()).equals("DNS"))
	       fehler("Fehler: Schlüsselwort DNS fehlt in der Aminosäurendatei");
	    for(i=0; i<anzDNS; i++)		
		dns[i]=ein.readLine();
	    if(!(zeile=ein.readLine()).equals("MATRIX"))
	       fehler("Fehler: Schlüsselwort MATRIX fehlt in der Aminosäurendatei");
	    
	    // ... und los gehts!

	    for(i=1; i<=zähler; i++) {
		zeile=ein.readLine();
		länge=zeile.length();
		pos1=pos2=0;

		// Name der Aminosäure
		while(! Character.isWhitespace(zeile.charAt(pos2)))
		    pos2++;
		this.name[i]=zeile.substring(pos1,pos2);

		// Werte einlesen
		for (j=i; j<=zähler; j++) { 
		    while(Character.isWhitespace(zeile.charAt(pos2)))
			pos2++;
		    pos1=pos2;
		    while(pos2<länge && ! Character.isWhitespace(zeile.charAt(pos2)))
			pos2++;
		    temp=Double.valueOf(zeile.substring(pos1,pos2)).doubleValue();
		    this.matrix[i][j]=temp;
		    this.matrix[j][i]=temp;
		}
	    }	 
	    ein.close();

	    // Nun noch das STOP-Symbol versorgen.
	    this.name[0]="STOP";
	    for(i=0; i<=zähler; i++) {
		this.matrix[i][0]=0;
		this.matrix[0][i]=0;
	    } 
	}
	catch (Exception e) {
	    if(e instanceof IOException) {
		fehler("Fehler: IOException bei Umgang mit der Datei "+datei);
	    }
	    else if (e instanceof FileNotFoundException) {
		fehler("Fehler: Datei "+datei+" nicht gefunden.");
	    }
	    else {
		fehler("Fehler: unerwartete Ausnahme "+e.getClass().getName());
	    }
	    System.exit(0);
	}
    }
    
    public int getSize() {
	return this.size;
    }

    public String getName(int i) {
	return this.name[i];
    }

    public double getDiff(int i,int j) {
	return this.matrix[i][j];
    }

    public String getDNS(int i) {
	return this.dns[i];
    }
    
    private void fehler (String text) {
	System.err.println(text);
	System.exit(0);
    }
}