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BESCHREIBUNG:
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Das Programm optimiert den natuerlichen genetischen Code in Bezug auf
Fehlertoleranz (mean square difference bzgl. einer Aehnlichkeitsmatrix).
Jedes Mitglied der Population entspricht einer einzigen Loesung, 
Mitglieder der Population koennen sich auch gleichen.

INHALT:
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Ausser den Sourcen enthaelt das TAR-File auch noch folgende Dateien
- Standard.amino : beschreibt die auf den polar requirements basierende
  Aehnlichkeitsmatrix
- kein_ala_ser.amino : eine Variante der obigen Matrix, Alanin und Serin
  sind jedoch nicht mehr unter den Aminosaeuren enthalten
- Ausdrucke : hier sind einige "gute" Loesungen (MSD < 2) enthalten;
  auffaellig ist das Uebergewicht von Alanin, Serin und Glycin.
Das Programm ist weitgehend, jedoch noch nicht vollstaendig kommentiert.

Das Verzeichnis enthaelt vier verschiedene Varianten des Programms in
Unterverzeichnissen

msd+feste_stops/	: (Basisvariante) Die STOPS sind festgesetzt und
			  werden nicht geaendert
msd+keine_mutation/	: Es findet keine Mutation statt. Dies liesse sich
			  ueber die Aufrufoptionen realisieren, aber diese
			  Version ist wesentlich effizienter.
msd+auffrischung/	: Wenn sich die Population zu aehnlich wird (eine
			  Loesung hat sich gegenueber den anderen
			  durchgesetzt und diese verdraengt), dann werden
			  neue zufaellige Loesungen eingefuehrt, quasi
			  frisches genetisches Material
msd+auffrischung+endlos/: Diese Version kommt ohne GUI aus und laeuft
			  endlos, die Ausgabe erfolgt nach STDOUT und
			  kann als Protokoll verwendet werden.

AUFRUF:
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Der Aufruf ("java Bio [options]") kann folgende Optionen enthalten:
  -a <String datei>, -amino <String datei>
        liest Aminosäuren aus Datei <datei> ein (sonst:Standard.amino)
  -m <double f>, -mutation <double f>
        setzt Mutationsrate auf <f> (sonst 0.01)
  -p <int n>, -population <int n>
        setzt Bevölkerung auf <n> (sonst 20)

BUGS:
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Bisweilen erscheint nach dem Aufruf das GUI nur unvollstaendig (die
Knoepfe fehlen); dies liegt wohl am Java-AWT. Durch das Aendern der
Fenstergroesse wird das GUI dann korrekt angezeigt.